Tymczasem walka z islamskimi bojownikami rozszerzyła się daleko poza Środkowy Egipt. Zamachy bombowe i strzelaniny powodowały masowe aresztowania i tortury, na które odpowiadano kolejnymi aktami terroryzmu. W maju 1992 r. w Sanabu zabito trzynastu chrześcijańskich rolników, zwiększając obawy przed wybuchem konfliktu na tle religijnym. Dwa miesiące później zginął znany z liberalnych poglądów pisarz Farag Fouda, gdyż ośmielił się kpić z "nieoświeconych grup ciemności" (Gama'at Islamija) i prowadził publiczne dyskusje z islamskimi fundamentalistami. Późniejsze ataki na turystów (punkt kulminacyjny osiągnęły w 1997 r., kiedy zginęło 58 obcokrajowców) były jednym z wiodących tematów poruszanych przez prasę na całym świecie, pozbawiając Egipt jednego z głównych źródeł dochodu. W pewnym sensie władze zgadzają się jednak z islamskimi poglądami, czego dowiodło wtrącenie do więzienia 300 Egipcjan za przestępstwo przejścia na wiarę chrześcijańską, a także wydanie orzeczenia, że kairski profesor uznany winnym apostazji musi rozstać się z żoną. W styczniu 2000 r. w starciach w al-Qusija śmierć poniosło dziewiętnastu Koptów i dwóch muzułmanów. Chociaż rząd oskarża Iran i Sudan oraz organizację Al-Kaida o podżeganie do terroryzmu, jego prawdziwe przyczyny tkwią w samym Egipcie i ogólnej polityce światowej. Zastój w egipskiej gospodarce wywołuje zniechęcenie, a skorumpowane elity budzą powszechną złość. Coraz więcej ludzi zaczyna traktować islam jako radykalne rozwiązanie egipskich problemów. Argumentują oni, że poprzez powrót do czystego islamu, ogłoszonego przez Proroka, muzułmanie mogą się ponownie zjednoczyć i już bez państw narodowych i całej spuścizny imperializmu iść za głosem przeznaczenia. Pogląd ten zyskuje coraz więcej zwolenników również dlatego, że świat zachodni i muzułmański odmiennie interpretują niektóre wydarzenia na świecie. Po latach zachodniej pobłażliwości dla agresywnej izraelskiej polityki, w porównaniu z gwałtowną reakcją na iracką inwazję w Kuwejcie, większość muzułmanów postrzegało wojnę w Bośni jako chrześcijańskie ludobójstwo wspomagane przez państwa zachodnie.
W islamskim świecie nakładają się na siebie dwa konflikty. Jeden dotyczy wizji społeczeństwa: czy powinny w nim rządzić zasady świeckie czy religijne, a także w jakim stopniu credo z VII w. ma zastosowanie do potrzeb współczesnego świata. Drugi konflikt jest raczej natury geopolitycznej i dotyczy rywalizacji Iranu i Egiptu, które dążą do hegemonii w rejonie Zatoki Perskiej i w całym świecie arabskim, uznając każdy sukces przeciwnika za swoją porażkę.
Polscy archeolodzy
Historia polskiej archeologii w Egipcie rozpoczyna się właściwie już w XIX w., kiedy to młody polski uczony Tadeusz Smoleński wziął udział w wykopaliskach prowadzonych przez Austriaków. Po raz pierwszy jednak oficjalnie polska flaga zawisła nad stanowiskiem archeologicznym dopiero w 1936 r. w Edfu, gdzie zorganizowano polsko-francuskie wykopaliska pod kierownictwem twórcy polskiej archeologii śródziemnomorskiej prof. Kazimierza Michałowskiego. Ostatni sezon wykopalisk zakończył się wiosną 1939 r. Wtedy też do Polski wyjechały ostatnie skrzynie z wydobytymi zabytkami.
Po drugiej wojnie światowej Polacy wrócili do Egiptu na przełomie 1956 i 1957 roku na stanowisko Tell Atrib w delcie Nilu. W roku 1959 utworzono Stację Archeologii Śródziemnomorskiej Uniwersytetu Warszawskiego w Kairze, w budynku mieszczącym się przy ulicy Barona Empain (obecnie Nazih Khalifa), w dzielnicy Heliopolis. Decyzją Senatu Uniwersytetu Warszawskiego 21 grudnia 1983 r. nadano stacji imię profesora Kazimierza Michałowskiego. Do dnia dzisiejszego zajmuje się ona koordynacją polskich prac archeologicznych na terenie Cypru, Egiptu, Iraku, Sudanu i Syrii. Na stanowiskach badanych przez polskich archeologów ściśle współpracują ze sobą archeolodzy, architekci, filolodzy, antropolodzy i konserwatorzy.
Pod koniec lat 50. Polacy pracowali przy demontażu świątyń nubijskich w Tafa i Dabod. W latach 60. stacja została zaproszona do współpracy przy rekonstrukcji słynnej świątyni grobowej królowej Hatszepsut w Dajr al-Bahri w Górnym Egipcie. Wykopaliska prowadzone pod kierownictwem dr hab. (obecnie profesor) Jadwigi Lipińskiej doprowadziły do odkrycia świątyni grobowej faraona Thotmesa III. Na terenie świątyni Hatszepsut działały równolegle różne misje: egiptologiczne, rekonstrukcyjne i konserwatorskie. Prace w tym miejscu prowadzone są do dzisiaj. Jednocześnie kończone są prace w Tell Atrib, rozpoczęte przez prof. Kazimierza Michałowskiego. Polacy badają też w Egipcie zabytki chrześcijańskie w oazie Fajum w Naqlun grupa archeologów i konserwatorów zajmuje się zespołem klasztornym, obejmującym między innymi zdobiony malowidłami kościół oraz kute w skale eremy.
Nie należy również zapominać, że przez polskich konserwatorów i archeologów prowadzone są w Egipcie prace mające na celu przywrócenie świetności zabytkom muzułmańskim, na przykład zespołowi grobowemu emira Qurqumasa w Kairze - wspaniałemu mauzoleum, którego budowę zakończono w 1507 r.